Das Museum, die Stiftung und ihre Kunstsammlung sind Ausdruck eines persönliches Traumes, für dessen Verwirklichung Werner Coninx (1911-1980) Wissen, Zeit und grosse Teile seiner finanziellen Mittel aufbrachte. Wegen seiner Leidenschaft für die Kunst brach der langjährige Freund von Max Frisch und vom welschen Maler René Auberjonois früh sein Medizinstudium ab, um Maler zu werden. Zunächst nur für sich alleine sammelte er seit jener Zeit Kunstwerke, die Zeugnisse seiner persönlichen Kennerschaft und Egozentrik waren. Stets brachte er den Mut auf, sich bei der Auswahl auf sein eigenes Urteil zu verlassen und seine Individualität nicht durch die Diktate des Zeitgeschmacks irritieren zu lassen. Zwischen 1945 und 1980 wuchs die Sammlung auf mehrere Tausend Kunstwerke an. 1973 gründete Werner Coninx eine unabhängige Stiftung, der er sein gesamtes Kunstgut übertrug, damit es in Zukunft erhalten und der Öffentlichkeit zugängig gemacht werden kann.
Seit 1986 unterhält die Coninx-Stiftung im ehemaligen Wohnhaus des Gründers Werner Coninx das Coninx Museum. Fernab von Hektik und Lärm werden hier Ausstellungen präsentiert, die in erster Linie die eigene grosse Kunstsammlung zeigen. Die Villa wurde 1912 vom Vater des Stifters, Otto Coninx-Girardet, gebaut. Dieser beauftragte die Architekten Pfleghard & Haefeli mit dem Bauvorhaben. Zusammen mit dem 1913 angebauten Gartenpavillon entwarfen sie einen behäbigen Landsitz im Heimatstil. Das Gebäude steht im Inventar der schützenswerten Bauten der Stadt Zürich.
